فناوری آنالیز ایزوتوپی می تواند در حل بسیاری از مسایل قانونی مفید باشد. با توجه به اینکه که مواد طبیعی بر اساس منشا خود دارای امضاهای ایزوتوپی بسیار مشخص هستند، در نتیجه، امکان تشخیص خاستگاه یک ماده با توجه به امضای ایزوتوپی آن وجود دارد. برای مثال جهت تشخیص اینکه تستسترون ورزشکاران مربوط به بدن خود بوده و یا بطور مصنوعی تزریق شده وهمچنین آزمایشگاه تولید این داروی غیرقانونی، در کدام ناحیه جغرافیایی واقع شده است براحتی توسط آنالیز ایزوتوپهای پایدار مشخص می ­گردد. نمونه­ هایی که در این رویکرد قابل آنالیز هستند شامل ادرار ورزشکاران جهت تعیین استفاده غیر قانونی از استروئیدها و داروهای غیر مجاز با هدف دوپینگ، مشخصه یابی مواد منفجره و پسماند آنها برای شناسایی منبع تولید کننده، آنالیز مواد مخدر از جمله هروئین، کوکائین، حشیش، استروئیدها، و دیگر نمونه های غیرمجاز برای ردیابی منشا و یا منبع تولید آن ها، مشخصه یابی سلولز با استفاده از آنالیز ایزوتوپ های هیدروژن ( ²H/¹H، یا δD) و اکسیژن (¹⁸O/¹⁶O یا δ¹⁸O) برای تعیین منشا پول تقلبی و .........